Специалисты Лаборатории Колд-Спринг-Харбор порадовали научное сообщество первым в мире мобильным приложением iGenomics, способным анализировать последовательности генома. Пока оно работает только на платформе iPhone.
ДНК-лаборатория в кармане
После миниатюризации интегральных схем и другого компьютерного оборудования за последние несколько десятилетий секвенирование ДНК пошло по тому же пути. Лидером в этом направлении является платформа для секвенирования Oxford Nanopore, которая в настоящее время предлагает портативное устройство MinION.
Эта технология широко используется по всему миру на удаленных станциях, например, для анализа геномов основных патогенов. Соединение портативного секвенатора ДНК со смартфоном позволяет создать генетическую мини-лабораторию наподобие «трикодера» из фантастического фильма «Звездный путь».
Справляется сам
iGenomics — первое комплексное мобильное приложение для анализа генома с возможностями согласования считываний, вызова вариантов и визуализации результатов на мобильном устройстве без привлечения дополнительных компьютерных мощностей для обработки данных. Реализованный в Objective-C среде с использованием FM-индекса, полосового динамического программирования и других высокопроизводительных методов биоинформатики, iGenomics оптимизирован для работы в мобильной среде.
Ученые протестировали программу iGenomics, используя множество реальных и смоделированных наборов данных секвенирования вирусных и бактериальных геномов. Оказалось, что приложение для iPhone имеет производительность, сопоставимую с популярным набором специализированных программ BWA-MEM / SAMtools / IGV, без необходимости использования ноутбука и серверов.
— Регулярная проверка качества ссылок по более чем 100 показателям и ежедневный пересчет показателей качества проекта.
— Все известные форматы ссылок: арендные ссылки, вечные ссылки, публикации (упоминания, мнения, отзывы, статьи, пресс-релизы).
— SeoHammer покажет, где рост или падение, а также запросы, на которые нужно обратить внимание.
SeoHammer еще предоставляет технологию Буст, она ускоряет продвижение в десятки раз, а первые результаты появляются уже в течение первых 7 дней. Зарегистрироваться и Начать продвижение
Компактно и недорого
Согласитесь, находясь в полевых условиях где-нибудь в Африке или Азии, не очень удобно таскать за собой мощный компьютер или ноутбук с доступом к кластеру серверов. На слабом оборудовании существующие программы для расшифровки ДНК работают нестабильно. Особенно это актуально в условиях очередной пандемии, когда требуется оперативно сделать секвенирование какого-нибудь микроорганизма в поисках возбудителя болезни. Приложение iGenomics позволяет отказаться от габаритного оборудования в экспедиции, что сокращает время работы ученых.
Программа написана инженером-программистом «Фейсбука» Аспином Палатником под руководством Майкла Шаца в лаборатории CSHL. На ее создание потребовалось 8 лет. Приложение получает данные секвенирования ДНК от крошечного устройства MinION, а затем обрабатывает его, сводит в понятные таблицы и графики.
Устройство заинтересовало не только вирусологов, но и космическое агентство. На МКС также проводят эксперименты по секвенированию ДНК при изучении адаптации микроорганизмов к условиям космоса. При этом тяжелые и большие компьютеры доставлять на орбиту дорого и нецелесообразно.
С помощью алгоритмов iGenomics и MinION Nanopore можно определять последовательности ДНК и мутации вирусов Зика, гриппа, Covid-19. Вполне возможно, что в недалеком будущем врачи медучреждений смогут в реальном времени определять наличие коронавируса у пациентов с более высокой точностью, чем дают тесты.
Нашли нарушение? Пожаловаться на содержание